سرنوشت کاخ چهلستون در دوره قاجار 

آنچه از نوشته‌های سیاحانی مانند اوژن فلاندن و پاسکال کوست – که در دوران سلطنت محمدشاه قاجار به ایران سفر کرده بودند- و همچنین مادام دیولافوآ در سال 1298 هجری قمری (1259 هجری شمسی) برمی‌آید، بنای کاخ و باغ چهلستون تا آن زمان به حالت قدیمی خود باقی مانده و تغییری نکرده بود.

هرچند متاسفانه در سال 1300 هجری قمری (1261 هجری شمسی)، در زمان حکومت ظل السطان (حاکم اصفهان و فرزند ناصرالدین شاه قاجار) بنای کاخ و باغ به شدت آسیب دید و خرابی‌های زیادی در آن به بار آمد؛ به عنوان مثال در دوران او حوض مرمرین و جوی‌های سنگی باغ پر، و مجاری آبی آن مسدود شدند. 

مادام دیولافوآ، آرایش درختان و گیاهان باغ چهلستون را در سفرنامه های خود این‌گونه توصیف کرده است و تصویر دقیقی از این باغ در دوره‌ قاجار می‌دهد: 

درختان چنار بلند با شاخه‌هایی تا راس تراشیده، در امتداد محور اصلی و دو طرف استخر، در جشن‌ها مزین به نور بودند.

در پای آنها گل‌ها بدون توجه به رنگ و جنس، در کُرت‌ها (باغچه) خودنمایی می‌کردند.

درون کرت‌ها، درختان میوه نیز دیده می‌شدند.

با نزدیک شدن روزهای پایانی حکومت قاجار، بر شدت تخریب و بی‌توجهی به بناهای صفوی اضافه شد. در اواخر این دوره، کاخ‌های عالی قاپو و چهلستون، به زباله‌دانی بدل شده بودند.

به عنوان مثال در این زمان برای نقاشی کردن دوباره دیوارهای کاخ چهلستون از رنگ روغن استفاده کردند؛ مساله‌ای که باعث شد نقاشی‌های زیرین کاخ، از دیوار جدا شوند و به صورت تکه تکه درآیند.

دیگر تزیینات این بنا و درهای خاتم آن نیز از این هجمه ویرانی در امان نماندند و صدمه‌های بسیاری بر آنها وارد شد.

آینه‌هایی که به گفته شیخ جابر انصاری هر فردی را تا فاصله 180 متری کاخ نشان می‌داد، کنده و همراه درهای خاتم و تابلوها به عمارت مسعودیه در تهران برده شدند.

بنابر گفته او فرش دو رو بافتی که در این کاخ موجود بود در میانه سال‌های 1298 تا 1305 هجری قمری (1260 تا 1267 هجری شمسی) تکه پاره شد و از بین رفت.

از دیگر تخریب‌هایی که گریبان این کاخ را گرفت پوشانده شدن دوباره نقاشی‌ها، این بار با گچ بود.